Гербарий им. П.Н.Крылова или Ботанический музей ТГУ
Детский музей «Волшебная страна» имени А. М. Волкова ТГПУ
Мемориальный кабинет академиков В. А. Обручева — М. А. Усова ТПУ
Мемориальный музей А.М.Волкова ТГПУ
Минералогический музей им.И.К.Баженова ТГУ
Музей «Профессорская квартира»
Музей авиации аэропорта г.Томск
Музей анатомии человека СибГМУ
Музей археологии и этнологии «Культуры и этносы Сибири» ТГПУ
Музей без правил. Тактильный музей.
Музей декоративно-прикладного искусства народов Сибири ТГПУ
Музей дошкольного образования ТГПУ
Музей информационных технологий ТГПУ
Музей истории и достижений «Газпром трансгаз Томск»
Музей истории кафедральных школ СибГМУ
Музей истории ОАО «Томская судоходная компания»
Музей истории связи Томской области
Музей истории педагогического факультета ТГПУ
Музей истории, археологии и этнографии Сибири им. В.М.Флоринского
Музей книги Научной библиотеки ТГУ
Музей начала наук «Точка гравитации»
Музей патологической анатомии СибГМУ
Музей судебной медицины СибГМУ
Музей физической культуры и спорта Томской области ТГПУ
Палеонтологический музей им. В.А.Хахлова ТГУ
Первый музей славянской мифологии
Сибирский филиал Государственного центра современного искусства (СФ ГЦСИ)
Томский литературный музей Шишкова — Дом искусств
Томский музей леса, село Тимирязево
Томский областной краеведческий музей им.Шатилова
Томский областной художественный музей
