Гербарий им. П.Н.Крылова или Ботанический музей ТГУ, город Томск
Зоологический музей ТГУ, город Томск
Мемориальный кабинет академиков В. А. Обручева — М. А. Усова ТПУ, город Томск
Минералогический музей ТПУ, город Томск
Минералогический музей им.И.К.Баженова ТГУ, город Томск
Музей анатомии человека СибГМУ, город Томск
Музей археологии и этнологии «Культуры и этносы Сибири» ТГПУ
Музей истории физики ТГУ, город Томск
Музей начала наук «Точка гравитации», город Томск
Музей общей патологии СибГМУ, город Томск
Музей патологической анатомии СибГМУ, город Томск
Музей судебной медицины СибГМУ, город Томск
Палеонтологический музей им.В.А.Хахлова ТГУ, город Томск
Архитектурно-этнографический музей села Коларово, Томский район, село Коларово
Дом-музей Я.М. Свердлова, Верхнекетский район, деревня Максимкин Яр
Мемориальный кабинет академиков В. А. Обручева — М. А. Усова, город Томск
Мемориальный музей А.М.Волкова ТГПУ
Мемориальный музей «Следственная тюрьма НКВД», город Томск
Музей г. Северска, город Северск
Музей дошкольного образования ТГПУ
Музей искусств народов Севера, Каргасокский район, село Каргасок
Музей истории кафедральных школ СибГМУ, город Томск
Музей истории ТГАСУ, город Томск
Музей истории педагогического факультета ТГПУ, город Томск
Музей истории ТГУ, город Томск
Музей истории ТУСУР, город Томск
Музей боевой и трудовой славы им. И.М. Деменина, Парабельский район, село Парабель
Музей истории Томска, город Томск
Музей истории, археологии и этнографии Сибири им. В.М.Флоринского, город Томск
Музей Кулайской культуры, Чаинский район, село Подгорное
Музей «Профессорская квартира», город Томск
Музей физической культуры и спорта Томской области ТГПУ, город Томск
Нарымский музей политической ссылки, Парабельский район, село Нарым
Первый музей славянской мифологии, город Томск
Церковно-археологический музей Томской духовной семинарии, город Томск
Этнолингвистический музей “Русская изба в Сибири”, город Томск
Асиновский краеведческий музей, Асиновский район, город Асино
Бакчарский краеведческий музей северного садоводства, Бакчарский район, село Бакчар
Зырянский краеведческий музей, Зырянский район, село Зырянское
Колпашевский краеведческий музей, Колпашевский район, город Колпашево
Краеведческий музей Верхнекетского района, Верхнекетский район, рп Белый Яр
Краеведческий музей Шегарского района, Шегарский район, село Мельниково
Музей г. Северска, город Северск
Музей без правил. «Тактильный музей», город Томск
Музей истории ТПУ, город Томск
Музей под открытым небом казачьей культуры и быта «Братина», Кривошеинский район, село Кривошеино
Музей «Чумэл чвэч», Парабельский район
Муниципальный музей Парабельского района, Парабельский район, село Парабель
Первомайский районный краеведческий музей, Первомайский район, село Первомайское
Сельский парк-музей «Околица», Томский район, село Зоркальцево
Сибирская усадьба им. Н.А. Лампсакова, Асиновский район, сел Ново-Кусково
Томский областной краеведческий музей им.Шатилова, город Томск
Музей авиации аэропорта, город Томск
Музей истории и достижений «Газпром трансгаз Томск» город Томск
Музей истории кафедральных школ СибГМУ, город Томск
Музей истории ОАО «Томская судоходная компания», город Томск
Музей истории пожарной охраны, город Томск
Музей истории связи Томской области, город Томск
Музей истории ТГАСУ, город Томск
Музей истории ТГПУ, город Томск
Музей истории ТГУ, город Томск
Музей истории ТУСУР, город Томск
Музей томского пива, город Томск
Музей факультета физической культуры и спорта ТГПУ, город Томск
Дом художественных промыслов и национальных ремесел, Парабельский район, село Парабель
Музей декоративно-прикладного искусства народов Сибири ТГПУ
Музей деревянного зодчества, город Томск
Картинная галерея на Карташова, город Томск
Картинная галерея с. Подгорного, Чаинский район, село Подгорное
Музей декоративно-прикладного искусства народов Сибири, город Томск
Сибирский филиал Государственного центра современного искусства (СФ ГЦСИ), город Томск
Томский областной художественный музей, город Томск
Томский литературный музей Шишкова — Дом искусств, город Томск
Музей боевой и трудовой славы им. И.М. Деменина, Парабельский район, село Парабель
Музей деревянного зодчества, город Томск
Музей истории и достижений «Газпром трансгаз Томск», город Томск
Музей истории пожарной охраны, город Томск
Музей истории Томска, город Томск
Томский областной краеведческий музей им.Шатилова, город Томск
